Um zur Aufklärung beizutragen und vollständige Transparenz zu gewährleisten, hat missio München nach Veröffentlichung der unabhängigen Untersuchung der Akten der Koordinationsstelle Fidei Donum durch die Deutsche Bischofskonferenz und die Bischöfliche Aktion Adveniat am 8. August 2022 ein eigenes Gutachten durch einen unabhängigen Prüfer in Auftrag gegeben. Grund dafür war ein Hinweis darauf, dass bei missio München Informationen zum Fall eines Eichstätter Diözesanpriesters (in der Untersuchung verwendetes Kürzel FD04), der sich 1969 wegen einer Missbrauchsanzeige nach Afrika abgesetzt hatte, vorgelegen haben könnten.
Das Ergebnis des Gutachtens wurde im Oktober 2023 vorgelegt. Der Gutachter kommt nach Sichtung aller verfügbaren Akten in den Archiven von missio München sowie des Erzbistums München und Freising und nach Einsichtnahme in die Personalakte eines Priesters des Bistums Eichstätt zu dem Ergebnis, dass es „Anhaltspunkte einer etwaigen Verbindung des Ludwig Missionsvereins im Umgang mit Missbrauchsfällen durch Fidei-Donum-Priester nur hinsichtlich des Priesters FD04“ gibt. FD04 war wohl beim Ludwig-Missionsverein als Missionar oder möglicher Missionar erfasst, „allerdings ohne Kenntnis von dessen Aufenthaltsort“. Es finden sich zudem „keinerlei Unterlagen, die auf eine Kommunikation zwischen Mitarbeitern von missio München und FD04 oder gar auf Betreuungs- und Hilfeleistungen durch missio München während dessen Tätigkeit als Missionar hindeuten würden.“ Es konnten auch keinerlei Anhaltspunkte für eine Beteiligung, Unterstützung oder Information von missio München im Zusammenhang mit Planung und Durchführung der Flucht von FD04 im Jahr 1969 nach Tansania gefunden werden.
missio München verpflichtet sich, unter der Prämisse maximaler Transparenz jeglichen Hinweisen auf Verletzungen von Schutzpolicy und Richtlinien zur Compliance nachzugehen.